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Bioinformatique, l’outil informatique des biologistes

Cette formation est destinée à donner un aperçu concret de l'outil informatique dans le domaine de la biologie moléculaire, en particulier pour l’utilisation des bases de données et l’identification de caractéristiques biologiques simples. La deuxième partie de la formation fournira quelques connaissances bioinformatiques théoriques pour pouvoir mieux manipuler les programmes les plus utilisés, savoir notamment maîtriser le paramétrage et l'exploitation des résultats dans les programmes de comparaisons de séquences.

Public Doctorant.e.s en biologie
Durée 2 jours
Date(s) Voir dates et infos pratiques

  • Programme

  • Formateurs

  • Dates et infos pratiques

          Première partie

          - Présentation des outils d’analyse de séquences.

          - Manipulation des programmes : exemples, pièges à éviter.

          - Manipulation de programmes simples (carte de restriction, parties codantes…).

          - Principales bases de données de séquences biologiques :  Bases généralistes. Bases spécialisées.

          - Modes de consultation des bases (SRS, Entrez...).

          - Manipulation de programmes plus complexes (recherche de motifs ou de signaux, recherche de similitudes entre séquences…).      

          Deuxième partie

          - Principaux algorithmes présents dans les programmes de comparaison de séquences :  Recherche d’identité. Recherche de similitude. Recherche d’alignement.

          - Comparaisons entre deux séquences.

          - Comparaisons entre une séquence et une base de données :  les programmes standards FASTA et BLAST.

          - Estimation des résultats obtenus.

          - Disponibilité des programmes sur le réseau Internet.

          - Exploitation biologique des résultats.

 L'enseignement comprend des exposés théoriques suivis d'exercices pratiques effectués directement sur micro-ordinateurs PC ou Macintosh connectés au réseau Internet.

Les étudiants pourront utiliser un site web d’autoformation en dehors des périodes de cours afin de compléter et d’approfondir certaines notions.

Compétences développées

Ce stage permet d’acquérir des compétences devenues indispensables pour les biologistes qui travaillent dans des laboratoires publiques ou privées.

 Au terme de la formation, les personnes sauront utiliser des interfaces web pour consulter, rechercher et extraire des données à partir des principales bases de données du domaine, mais aussi interpréter biologiquement les résultats des programmes d’analyse de séquences biologiques les plus utilisés.

Christian Fondrat : PhD, Bioinformaticien, responsable adjoint du service de pédagogie numérique de l’université Paris Descartes.    


  • Email (contact pédagogique, pour toutes questions sur le contenu de la formation uniquement) : Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.   
  • Date : jeudi 16 mars 9h30-17h30 et vendredi 17 mars 9h30-17h30
  • Lieu : Université Paris Descartes - 45 rue des St Pères, 75006 Paris- Salle Bourgery porte 714, 7ième étage du bâtiment des St Pères - Accéder au bâtiment des St Pères
  • Durée de la formation : 2 jours
  • Nombre de jours validés par le Cfdip : 2 jours

  • Pré-requis : Aucun
  • Public visé : Doctorant.e.s en biologie
  • Effectif : 12 places maximum